qween Это немного общая статья, но поможет систематизировать подход. Обратите внимание, здесь тоже упоминается FELIWAY.
http://www.veterinarka.ru/content/view/1902/130/http://rexy-cat.ru/faq/ Здесь можно задать вопрос, только подробно опишите все обстоятельства. На этом же сайте есть пара интересных статей.
Еще прочитала такой совет, что нельзя прощаться с животным, когда уходите, это вызывает эмоциональное беспокойство, и особенно нельзя поощрять бурные приветствия после возвращения. Дайте понять, что уход и приход хозяев - абсолютно обычная ситуация.
А еще можно переставить кошачью миску на место "преступления" (если оно постоянное) и кормить какое-то время только там. Но это после того, как вы хорошенько отмоете это место специальными средствами.

Эффект основан на том, что кошки не гадят, там где едят.
А вообще, мне кажется, кошка молодая еще, со временем привыкнет оставаться одна и не гадить в неположенных местах. Моя Киса по молодости в одиночестве не гадила, а погромы устраивала, причем такие, что волосы дыбом вставали. Потом прошло, переросла